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距离夏令营已经过去了三年了，此时真新镇里一片祥和。
我们的主角冥夜已经十五岁了，此刻正在准备第二天旅行所需要的东西，在他面前有三个双肩包莫样的中型空间包，一红黑一蓝黑一紫金，三种颜色，一种颜色分别对应一个人，是的，红黑是伊雅的，蓝黑是哲雅的，最后紫金是冥夜的。
为什么准备伊雅与哲雅的，因为不久前伊雅和哲雅，向冥夜提出：要和他一起旅行去，不是待着精灵球中一起旅行，而是待着冥夜身边一起旅行。最后冥夜同意了，所以也就准备了三份旅行的东西。
有三个睡袋，三套洗漱用品，……
第二天，冥夜七点钟起床，看着正在研究所客厅看书的小茂，很惊讶，说：“小茂，早啊，这么早看书，看了多久了。”
小茂抬起头，看见来人是冥夜，就合上书，说：“原来是冥夜哥啊，你起来了，我帮你去拿一下早饭。”说完，小茂站起身，前往厨房，拿出了一盘包子和一盘油条，放在餐桌上。
冥夜拿起了一根油条，咬了一口，说：“味道不错，小茂你自己做的？”
“嗯，我早上起来做的。”小茂点点头，回答了冥夜的话。
“那你几点起来的？包子、油条做起来比较麻烦。”冥夜听到是小茂自己做的，也没有讲什么，只是问一些小茂起床的时间。
“呃，我早上五点起来的，看你们还没有起来，就做了包子油条，之后就一直在看书，怕自己到时候会忘了。”小茂有一丝尴尬，因为他终于可以旅行，而兴奋的起得太早。
冥夜没有感觉有什么不对的，只认为这是一个很正常的事，只是问到“小茂，你想选那只神奇宝贝，小火龙、杰尼龟、还是妙蛙种子。”
“我想选择杰尼龟，但怕别人先选了，所以才这么早起来。”小茂毫不犹豫的说，很明显他早已作好决定。
接下来的半个小时里，冥夜和小茂有一搭没一搭聊天，度过了漫长的时间。
“咔嚓。”一声开门声响起，冥夜和小茂停下了聊天，看向门口，大木博士出现在门口。不等冥夜开口，小茂抢先开口，一脸幽怨的看着大木博士道：“爷爷你终于醒了，我等你等了好久。”
大木博士看见小茂那幽怨的眼神，有一丝尴尬，回答小茂的话：“哈哈，我这不是为了你们今天的旅行做准备吗。”
看着大木博士尴尬的样子，冥夜只好出来解救一下大木博士，说：“爷爷，你既然已经醒来了，那就把小茂的事解决一下吧……”
“咔嚓”话还没有说完，又传来一阵开门声，研究所里的众人同时看向门口。
门缓缓的打开，一个长相稍有些可爱的女生，伸出头，说：“你们好，我是来领取神奇宝贝的。我是小兰。”
“喔，你就是小兰啊，你和小茂一起来吧。”说着大木博士就向研究所里面走走去，小茂和小兰也紧跟着大木博士，向研究所里面走去，冥夜看着两人跟了过去，也一起跟了过去。
在里面，小茂展现出了自己的绅士风度，说：“女士优先，你先请。”虽然小茂看上去很淡定，但心里很慌，生怕自己的杰尼龟被选走。
小兰也不矫情，直接说：“我选择妙蛙种子。”
听完后，小茂心中平稳了下来。就接着小兰之后说：“我选择杰尼龟。”
大木博士将妙蛙种子的精灵球给了小兰，将杰尼龟的精灵球给了小茂。
两人也都将神奇宝贝放了出来，与他们好好交流，提高亲密度。
随后小兰便与众人告别，带着妙蛙种子离开了。
不久，一个火红色头发的少年风风火火的来到了研究所，刚一进门就大喊：“大木博士，小火龙还在不在，我就要小火龙。”
看着少年紧张的莫样，大木博士乐呵呵的说“小火是吧，刚好这里只剩下小火龙，你可以领走它了。”大木博士将小火龙的精灵球递给了少年
少年听了，瞬间大喜，说：“欧耶，太好了，太谢谢你了，大木博士。”少年接过精灵球，感谢着大木博士，将小火龙放了出来，和小火龙交流了一下就离开了。
不知过了多久，小智一直没有来，众人都等得有一丝不耐烦，小茂直接站了起来，说：“那我先走了，再见爷爷、冥夜哥。”说完就将自己所准备的东西放在空间包中就离开了。
小茂前脚刚离开，小智后脚就进来了，看着还穿着睡衣的小智，冥夜心里感慨剧情的强大。于是小智就和原著中一样领走了皮卡丘，不对，是皮丘。
看着皮丘，冥夜心里一阵尴尬，我竟然收复了皮神。
原来，早在前一天，冥夜在大木博士之前收服了一只皮卡丘，为了补偿大木博士，冥夜打算再收复一只皮卡丘给大木博士，可找了许久，只找到了一只皮丘。
望着小智离开，冥夜就和大木博士道别。
冥夜刚出真新镇，两道倩影紧接着出现在冥夜身边。没错，就是哲雅和伊雅两人。