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有明大厦的枪击案在日本国内外掀起轩然大波，经过媒体刻意渲染和网络高速传播，案件刚曝光就备受关注，影响甚至比六十年代的“三亿?沂录?焙桶耸?甏?摹肮塘??ど?朗录?被挂?蟆?p> 警视厅开出一千万特别奖金，给那些为案件提供线索的人，被害者的公司随后把悬红提高到五千万。
本来警视厅高层对侦破这起轰动一时的杀人案持乐观态度，但当调查开始后，才发现没多少有用线索。
行凶动机调查无从下手，本来不满那家运营公司和几名被害者的人就不少，而且自从六月份的移籍事件后，事务所几乎每天都收到各种各样的恐吓信，还有夹带刀片的信封、掰碎的cd、烧焦的生写、染血的布娃娃、被肢解的人偶、甚至动物尸体等东西的恶作剧邮件更是层出不穷。
案发后网络上一片哗然。但在广泛的谴责声浪中，各大门户网站和留言板也不乏认为几名被害者死有余辜的幸灾乐祸言论，甚至对凶手的声援也不绝于耳，更有好事之徒冒认行凶者招摇撞骗。
把海量资料过滤后，搜查本部锁定一个募捐网站。这个服务器架设在美国的网站曾经在案发前募集过大量资金，但经过历时四个月的调查，警方始终无法找到网站的经营者，也查不到那笔钱的去向，更没发现这个网站和案件有任何直接关联。
凶手行凶时刚好是每月一次的取缔役例会，搜查本部判断犯人熟悉被害者公司运作，于是从该公司职员和有业务联系的企业着手调查。警方列出一份多达六千人的名单，并在全国范围内动员超过一万名警察协助调查，但最后都没有收获。
在案发现场一共取得八十七组指纹，经过筛选后证实其中二十七组属于该公司职员，另外四十八组属于业务相关人士，剩下的是大厦管理和保洁人员。由于找不到犯人指纹，搜查本部判断他犯案时戴了手套，或者在手上涂了胶水。
犯人一共遗留下十八件证物，包括：一张名片、一台手机信号屏蔽器、八颗九毫米手枪弹的弹壳、以及相同数量的弹头。
名片为伪造，“文艺春秋”没有姓手越的职员。刑警给出版社的人看了监控录像截图和画像，也根据口供详细描述了犯人的特征，但没找到符合的对象。被称进了医院的编辑竹田琢也安然无恙，但不记得自己认识和犯人相似的人物。
根据科搜研的精密分析结果，名片材料为新加坡生产的二百五十克哑粉纸，这种纸张被广泛用于名片和书刊印刷。上面的文字不是以油墨印制，而是采用激光打印。警方通过碳粉成分查出打印机的品牌和型号，但这几种打印机在日本数以十万计，遍布于全国各地的大小复印店和办公室，因为数量太多无法追查。
假天花上找到的手机信号屏蔽器为天朝制造，在电器商店以及购物网站有售。过去一年同型号的屏蔽器总共售出一百零八台，但这种器材不属于管制物品，所以没要求登记购买人的身份资料。警方通过发货记录、信用卡信息和商店的监控录像找到五十六个购买者，但最后都证实没有可疑。
从墙壁取出的弹头已经严重变形，无法进行膛线检查。不过科搜研发现弹头曾经被改造过，刑警们由此判断犯人具备金属加工的设备和技术。加上犯案时使用的氯仿被广泛用作塑料粘合剂，搜查本部认为犯人很可能从事过金木工和手工艺方面的工作，或者存在具备相关知识的共犯。
科警研通过比对弹壳底火上的击针凹痕查出了凶枪型号。根据组织犯罪对策部的情报，横滨某个黑帮曾经从东南亚偷运过同型号的p228手枪入境。枪械对策课还收到消息，去年冲绳普天间基地曾经丢失了一把m11手枪。但驻日美军拥有治外法权，日本警察无权进行调查，而且外务省和警察厅也向警视厅施压，搜查本部只好把调查方向定在横滨的帮派，最后还是没查出什么有用线索。
案发后不久枪械对策课破获一宗军火交易，缴获一批和现场遗留弹壳同类型的弹药，被捕的武器贩子供称曾多次出售这种九毫米枪弹，买家主要是关东地区的帮派。刑警最后锁定一宗可疑交易，但只查到那批子弹交接时被存放在练马区某个商场的自助储物柜。
唯一有收获是监控录像。警方认为犯人会利用都内发达的铁路网逃走，所以第一时间收缴了有明大厦附近几个车站的监控录像，然后调集大量人手用人工识别的办法过滤资料。
花了一天一夜，警方靠身材和衣着上的共同点锁定目标，鉴识课特殊写真系以录像为基础，通过电脑修正制作了一张嫌疑人的画像。警视厅在霞关本舍召开特别记者会，向媒体公布了这张画像，并宣布发出全国范围的通缉令。
确认嫌疑人的长相后，搜查本部曾经动用科警研开发的面部识别软件，希望能查出他的身份。但在资料库找不到这个人，由此证明他没有案底，也不属于被公安列为需要特别关注的人物。
通过临海线各站的监控录像，警方确定嫌疑人乘“百合鸥号”去了新桥。刑警检视了新桥其它车站的监控录像，查出嫌疑人不久后进入jr东日本新桥站，并在车站的自助储物柜取出一个棕黄色旅行包。之后刑警翻查了较早时的监控录像，发现那个旅行包是案发前嫌疑人自己放进去的。
能在短时间内查出嫌疑人的长相和行踪，令搜查本部士气高涨，警视厅高层也对尽早破案持乐观态度。但就在大多数人都认为逮捕嫌犯只是时间问题的当口，搜查本部却犯下一个严重错误。
当时普遍观点认为，嫌疑人预先在车站存放行李是为了犯案后乘火车出逃。而且警方查过各个机场的记录，并没发现嫌疑人的踪迹，因此更加坚定原来的想法。
在“有多远跑多远”的想法主导下，搜查本部深信嫌疑人已经逃离东京都，但被通缉令困在铁路沿线的某个县市内。当即定下“必须在他改头换面潜入人群前将其缉捕归案”的方针。警视厅派人前往神奈川、静冈、兵库、京都、大阪等地，还派出大量人手沿着和新桥站相连的东海道线、京滨东北线、横须贺线这三条都外路线进行调查，在周边各个管区协助下排查外来人口。
等到在全国各地耗费大量人力物力却一无所获后，时间已经过去半年，警视厅因为各方面调查停滞不前而备受责难。搜查本部决定把调查方向转回东京都，刑警们重新检视了山手线沿途二十九个车站的监控录像，希望能找到新线索。
其实这些录像已经被看过很多次，但都集中在案发后的时间段，目的是调查嫌疑人有没有通过山手线转乘别的都外路线。现在则是检视案发当天的全部录像，希望从嫌疑人前往现场的路线找出其行踪。
检视过程中，鉴识课写真阅览系的人在新宿站月台发现一个疑似身影。但这里的监控设备年代久远，录像的清晰度实在强差人意，通过科搜研对影像进行清晰化处理后，终于确定嫌疑人案发前曾经出现在新宿。
但新发现带来的喜悦就如同雷阵雨，来得快去得也快。和新宿站相连的几条铁路的运营商通知警方，他们只会保留三星期的监控录像，案发当天的录像早已被删除，调查又再走进死胡同。
关于有明大厦枪击案的调查进行了两年，警方动用的人员数以万计，还花费了近十亿调查经费，却直到搜查本部解散都没查出任何头绪。为此警视厅的办案能力备受质疑，导致搜查一课课长以下三人引咎辞职，课长提前退休的结果。
关于凶手的争议颇多，他到底是单独行动还是团伙作案一直成谜。虽然日本二?一?年取消了杀人罪的公诉时效，但这案件依然被很多推理迷视作完美犯罪。由于凶手除了一张疑似画像外没留下任何线索，因此得到“怪人二十二面相”的称号。